Komisja Stypendialna MU zarządza dwoma stypendiami według austriackiego StudFG: „Leistungsstipendium” i „Förderstipendium”. Te stypendia Modul University Vienna Merit przyznawane są obecnie zapisanym studentom we wszystkich programach na podstawie doskonałości akademickiej i zaangażowania pozalekcyjnego.
Ponadto Komisja Stypendialna współorganizuje Stypendium Nadziei Uniwersytetu Modul, które przyznawane jest doskonałym projektom i propozycjom badawczym, których celem jest wywarcie pozytywnego wpływu na zrównoważony rozwój. Stypendium jest współadministrowane przez Komitet ds. Zrównoważonego Rozwoju Uniwersytetu Modul.